รูปแบบการเล่นของเกมเหมือนกับเวอร์ชันอาร์เขดพอสังเขป กับแตกต่างที่สำคัญคือการเพิ่มเกจของสุนัขนินจาซึ่งติดสอยห้อยตามผู้เล่น เพื่อใช้สุนัขในการโจมตีศัตรู ผู้เล่นจะต้องกดปุ่มโจมตีจนกว่าพลังเกจจะเต็ม สุนัขจะโจมตีเมื่อมันกำลังเห่าต่อศัตรูที่อยู่ใกล้เคียงเท่านั้น นอกจากนี้ สุนัขนินจายังเป็นผู้ช่วยในการไล่งับศัตรูเมื่อผู้เล่นกำลังยืนหรือกำลังกระโดด ซึ่งก่อให้เกิดความคล่องตัวมากขึ้นกว่าเวอร์ชันอาเขด (โดยสุนัขจะโจมตีขณะผู้เล่นกำลังนั่งหมอบเท่านั้น) ส่วนท่าไม้ตายของแต่ละด่านมีการเปลี่ยนแปลงเล็กน้อยจากการร่ายอาคมกวาดล้างเพื่อช่วยตัวประกัน ซึ่งเหมือนกับเกมอาเขดชิโนะบิ ฉบับดั้งเดิม ตัวประกันชายจะให้โบนัสเพิ่มและชีวิตพิเศษตามแต่โอกาส ในขณะที่ตัวประกันหญิงจะเพิ่มพลังโจมตีพื้นฐานจนกว่าจะถึงด่านต่อไปหรือจนกว่าจะสูญเสียชีวิต

ในขณะที่ระบบการลดจุดเมื่อถูกโจมตีของหนึ่งชีวิตจากสองระบบอาเขดได้รับการสงวนไว้ โดยจะมีโบนัสชีวิตจำนวนมากซ่อนอยู่ตลอดทั้งเกม เมื่อจบด่าน ผู้เล่นจะเข้าสู่โบนัสสเตจโดยเขาจะกระโดดลงมาจากอาคารและปาอาวุธใส่กองทัพนินจาฝ่ายศัตรู 50 คนที่กระโดดมาจากฝั่งตรงข้ามของเขา หลังจากสิ้นสุดโบนัสสเตจ ผู้เล่นจะได้รับจุดพลังหรือชีวิตพิเศษจำนวนหนึ่ง

มีสามระดับความยากที่สามารถตั้งค่าได้ในเกมนี้ โดยแต่ละระดับจะมีผลต่อตำแหน่งของศัตรูและจำนวนครั้งในการเล่นต่อของผู้เล่น ผู้เล่นยังสามารถเลือกที่จะปิดการใช้งานของดาวกระจาย โดยสามารถใช้ได้ในช่วงสู้กับบอส กับช่วงโบนัสสเตจเท่านั้น คะแนนโบนัสจะได้รับเมื่อชนะในแต่ละด่านรวมถึงการต่อสู้กับบอส (ยกเว้นด่านสุดท้าย) โดยขึ้นอยู่กับเวลาที่เหลืออยู่ของผู้เล่นในแต่ละด่านและพิจารณาว่าได้มีการใช้อาคมนินจุสึกวาดล้างหรือไม่ นอกจากนี้ ยังมีโบนัสที่ซ่อนอยู่ที่ผู้เล่นสามารถบรรลุได้เมื่อผ่านด่านหรือต่อสู้กับบอสภายใต้เงื่อนไขบางอย่าง